アグリシステム総合研究所は、日本で唯一の「いぐさ」試験研究機関として、いぐさの品種育成や栽培加工技術の改善に取り組んでいます。また、平坦水田地域における主力作物である「トマト」「いちご」の高品質、省力安定生産技術や、露地野菜を含め鮮度保持技術の開発に関する試験研究をはじめ、「いぐさ」「トマト」の機能性を利用するための技術開発にも取り組んでいます。
さらに、平成27年度には、くまもと県南フードバレー構想実現に向け、農産物加工試作や成分分析、商品開発、6次産業化への相談対応等のアグリビジネスへの支援を図るため、フードバレーアグリビジネスセンターを設置しました。
また、平成28年度からは、県南地域の特産品である「いぐさ」の栽培・加工技術の普及指導体制を集約し、技術指導の効率化を図るため、いぐさ普及指導室を新設しました。
平成29年度からは、研究所名を「い業研究所」から「アグリシステム総合研究所」に改称し、併せてICT等を活用した生産性の高い技術開発を研究するため、生産情報システム研究室を新設するなど、地域農業の発展に寄与することを目指しています。