総務部（文書私学局）

（文書班）公文書管理、公印、文書収受・発送、浄書、公立大学法人熊本県立大学に関する事務
（法制班）法制、文書審査、熊本県公報の発行に関する事務
（公益法人班）公益法人に関する事務
（県政情報室）情報公開、個人情報に関する事務

（企画班）私立学校の振興に関する事務
（初等宗教班）私立幼稚園、宗教法人に関する事務
（中高等班）私立学校（大学、幼稚園を除く。）に関する事務