本庁

• 知事公室
• 総務部
• 総務部（文書私学局）
• 総務部（総務税務局）
• 総務部（市町村局）
• 企画振興部
• 企画振興部（地域・文化振興局）
• 企画振興部（交通政策・情報局）
• 健康福祉部
• 健康福祉部（長寿社会局）
• 健康福祉部（子ども・障がい福祉局）
• 健康福祉部（健康局）
• 健康福祉部（ねんりんピック推進局）
• 環境生活部
• 環境生活部（環境局）
• 環境生活部（県民生活局）
• 商工観光労働部
• 商工観光労働部（商工労働局）
• 商工観光労働部（新産業振興局）
• 商工観光労働部（観光経済交流局）
• 農林水産部
• 農林水産部（経営局）
• 農林水産部（生産局）
• 農林水産部（農村振興局）
• 農林水産部（森林局）
• 農林水産部（水産局）
• 土木部
• 土木部（道路都市局）
• 土木部（河川港湾局）
• 土木部（建築住宅局）
• 出納局
• 企業局
• 病院局
• 教育委員会事務局
• 教育委員会事務局（教育総務局）
• 教育委員会事務局（教育指導局）
• 議会事務局
• 各種委員会（事務局）
• 宇城地域振興局
• 玉名地域振興局
• 鹿本地域振興局
• 菊池地域振興局
• 阿蘇地域振興局
  • 阿蘇地域振興局
• 上益城地域振興局
• 八代地域振興局
• 芦北地域振興局
• 球磨地域振興局
• 天草地域振興局